1988 年，薛振奎被调到南京干校任校长。 1998 年，薛振奎开始执掌管道局职业教育培训中心的工作。 2000 年，薛振奎被任命为管道科学研究院院长。

研究院在兰成渝、忠武、西气东输等管道工程中承担了多项重大课题。西气东输管道开工前，薛振奎及时调整了研究院的专业结构和业务方向，将西气东输工程的急需技术和设备作为主攻方向，开展了大中口径输气管道施工技术、工程材料、焊接工艺、焊接设备系列化的研发工作。